Virus Ebola

L’émergence des zoonoses, une mécanique implacable

Durant ces dernières décennies, les écologues de la santé humaine se sont alarmés d’une accélération dans l’émergence de nouvelles zoonoses ou de nouveaux pics épidémiques. La pandémie de Covid n’en est pas la seule expression. Même si on tient compte de notre meilleure capacité scientifique de détection, cette accélération est considérable. Il convient d’en comprendre les raisons afin de mieux y faire face.

Jusqu’à l’émergence récente de la pandémie de Covid-19, peu de personnes connaissaient le mot de zoonose, qui désigne les maladies humaines dont l’agent infectieux est originaire d’une autre espèce animale dite « espèce réservoir ». Pourtant, plus de la moitié des maladies infectieuses humaines sont d’origine zoonotique, qu’il s’agisse par exemple de la grippe, de la peste, de la rougeole, de la borréliose (maladie de Lyme), de la maladie de Chagas ou de la rage, etc.

L’origine de certaines d’entre elles se perd dans les origines millénaires des sociétés humaines, à la suite de la fréquentation ou de la domestication d’espèces animales sauvages. D’autres zoonoses en revanche ont émergé très récemment, comme, par exemple, le sida, Ebola en Afrique, l’infection à virus Nipah en Asie, le mers au Moyen-Orient ou le sras en Asie. Face à l’accélération de ces zoonoses, l’initiative internationale One Health (Une santé) a vu le jour sous l’égide de l’Organisation mondiale de la santé, au début des années 2000.

D'une espèce à l'autre

SARS-CoV-2 Covid

Particule du virus SARS-CoV-2, image obtenue par un microscope électronique en transmission (MET) et colorisée

CC NIAID

Bien évidemment, la plupart des agents pathogènes (virus, bactéries, protozoaires) ne peuvent pas vivre indifféremment dans n’importe quelle espèce animale, voire provoquer chez les unes et les autres les mêmes maladies. À l’échelle d’un parasite, un organisme hôte est un immense écosystème avec bien des particularités écologiques, métaboliques ou chimiques. Un changement d’hôte d’un animal à l’homme suppose donc un processus évolutif, qu’il s’agisse de préadaptation ou d’adaptation. Le pathogène peut avoir d’emblée une certaine capacité à infecter le corps humain et à parasiter des tissus ou des cellules humaines.

Un virus issu d’une autre espèce animale réservoir peut ainsi trouver une porte d’entrée dans les cellules humaines grâce à une des protéines de leur paroi, sur laquelle il est apte à se fixer, parce qu’elle est malencontreusement similaire à l’une de celles des cellules de son hôte animal originel et à laquelle il est adapté. Pour mémoire, nous avons environ 5 000 protéines différentes dans chacune de nos 30 000 milliards de cellules, ce qui occasionne bien des éventualités de cette sorte. Ainsi, certains coronavirus parasiteront assez spontanément des carnivores (civette, vison) ou des humains, de même un virus Nipah, des porcs ou des humains.

Dans d’autres cas, le passage d’un animal à l’homme suppose une évolution plus significative, par exemple par l’entremise d’un hôte intermédiaire plus semblable aux humains, sélectionnant le pathogène et lui permettant d’acquérir certaines caractéristiques biologiques compatibles avec les humains.

Changements environnementaux et promiscuité

Dans tous les cas, on le voit, l’émergence d’une nouvelle zoonose ou d’un nouveau pic épidémique suppose le même mécanisme de base. Plus les humains sont en promiscuité constante ou répétée avec d’autres animaux, plus les occasions d’acquérir des pathogènes et de les faire évoluer par sélection involontaire seront importantes.

Ce mécanisme semble trivial mais, précisément pour cette raison, il est implacable. Les humains ne peuvent pas vivre dans une bulle protectrice en permanence mais ils n’ont pas non plus tiré les conclusions qui s’imposaient de leur histoire en termes de maladies infectieuses. Ainsi, très inopportunément, la promiscuité entre animaux réservoirs de pathogènes et humains a significativement augmenté depuis plusieurs décennies.

Tout d’abord, les humains investissent les milieux de manière croissante, parce qu’ils sont plus nombreux mais aussi parce qu’ils disposent de moyens techniques considérablement plus puissants. Deux cents millions d’hectares de forêt tropicale ont ainsi disparus en quarante ans. Cette disparition procède non pas de la table rase immédiate mais plutôt d’une fragmentation et d’un morcellement démesuré des milieux forestiers. Il en résulte un paysage ressemblant à un patchwork, dont la particularité est d’augmenter de manière exponentielle la surface de contact entre la faune sauvage et les humains. De part et d’autre des lisières ainsi augmentées à l’infini, les animaux sauvages et les humains voyagent beaucoup à la recherche de ressources (approvisionnement alimentaire extra-forestier pour les animaux, chasse ou braconnage en forêt pour les humains). Les animaux résidant dans cette forêt fragmentée et amoindrie ont en outre des populations en moins bonne santé, moins régulées par leurs ennemis naturels. Leur charge en parasites et en pathogènes peut donc être plus élevée.

Virus Ebola

Morphologie d’un virion (particule infectieuse) du virus Ebola, image obtenue par un microscope électronique en transmission (MET) et colorisée

CC CDC Global, Frederick A. Murphy

Ce type de situation est assez bien connu en ce qui concerne le virus Ebola et la fièvre hémorragique qui porte son nom : les pics épidémiques de cette maladie sont beaucoup plus souvent localisés en zone de déforestation récente, où les chauves-souris réservoirs sont en contact direct avec les humains. Une situation analogue est également bien connue pour la maladie de Chagas. Là encore, la promiscuité entre humains, réservoirs opossums et tatous et les punaises hématophages vectrices est la clé de la dynamique de cette maladie humaine. Chacune de ces situations peut néanmoins être extrêmement complexe. Il a récemment été montré que certains pathogènes comme le virus Ebola peuvent rester en dormance chez un individu et permettre le redémarrage ultérieur d’une épidémie, longtemps après la première contamination par la faune sauvage.

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Transports en tous sens et animaux domestiques

Un autre élément d’accélération des zoonoses provient évidemment de la rapidité et de l’ubiquité de nos transports. Autrefois, des villageois infectés seraient restés isolés par la force des choses et leur maladie se serait peu (ou pas) transmise, voire serait passée inaperçue des autorités. Nos moyens de transport accélèrent non seulement la diffusion des maladies d’humains à humains mais aussi d’animaux sauvages à humains quand les premiers sont eux-mêmes passagers de nos moyens de transport, en tant qu’animaux braconnés ou transportés involontairement.

Certaines zoonoses (infection à virus Zika, dengue) ont ainsi pour vecteurs des espèces exotiques envahissantes comme le moustique tigreAedes albopictus, passager clandestin de bien des transports humains. Enfin, la crise de l’environnement a également d’autres effets, notamment à la suite du changement climatique, qui permet à certains réservoirs ou vecteurs d’augmenter ou de changer leur aire de répartition, y compris dans les milieux convertis et déséquilibrés par les humains.

Six jeunes cochons à la montagne

Groupe de jeunes cochons

© Barbara C - stock.adobe.com

L’élevage d’animaux domestiques est un dernier facteur d’influence dans l’évolution des zoonoses. Ces élevages représentent aujourd’hui une biomasse colossale de mammifères et d’oiseaux, plus importante que tous les grands animaux terrestres sauvages et même plus importante que la biomasse humaine elle-même.

Rassemblés (voire entassés) en grand nombre dans les élevages industriels, les animaux voient baisser leur diversité génétique et augmenter leur vulnérabilité, au gré des circuits commerciaux qui les distribuent dans le monde entier sans discontinuer. La promiscuité entre animaux et humains comme moteur des zoonoses trouve donc là une occasion supplémentaire de transmission d’agents infectieux. Trois exemples significatifs peuvent être donnés à titre d’illustration de ce problème.

  • Le virus Nipah en Asie est passé des chauves-souris aux humains via les porcs élevés en promiscuité avec les uns et les autres.
  • La grippe aviaire a une déjà longue histoire d’interaction entre oiseaux sauvages et oiseaux d’élevage mais aussi avec les populations humaines au contact d’élevages de porcs.
  • Enfin, on connaît aujourd’hui la capacité des coronavirus (sras, Covid-19) à infecter les civettes et les visons (entre autres carnivores entassés dans des élevages) et à réinfecter les humains.

Les élevages d’animaux constituent donc de véritables réacteurs à pathogènes et leur danger pour la santé humaine n’est pas le moindre des problèmes environnementaux qu’ils causent en ce moment.

Les zoonoses, bombes à retardement

Autant la tendance à l’augmentation des zoonoses et ses causes sont avérées, comme le montrent les conclusions des expertises collégiales française (FRB) et internationale (IPBES) en 2020, autant il est parfois difficile de reconstruire les évènements précis qui ont présidé à l’émergence d’une nouvelle maladie. On le voit dans le cas de la Covid-19, où les conjectures sur l’origine de la maladie frisent parfois les théories du complot, à la mesure de l’intérêt pour une pandémie qui affecte le monde entier.

Il faut se rappeler que les connaissances nécessaires à la compréhension d’un tel phénomène sont rarement disponibles de manière instantanée. Les pathogènes et les animaux réservoirs sont toujours trop mal connus et l’effort d’échantillonnage de la biodiversité est au ralenti depuis des décennies. Il faut souvent plusieurs années, voire plus d’une ou de plusieurs décennies, pour que l’origine d’une maladie soit à peu près élucidée.

Ainsi le sida, apparu chez les humains au début du XXe siècle par transmission depuis d’autres primates, est-il déclaré épidémie seulement en 1981 avec un virus identifié en 1983. Le premier syndrome du sras est apparu en Asie en 2002 mais c’est seulement en 2017 que des populations précises de chauves-souris porteuses de virus sont proposées comme possibles réservoirs d’origine. Chaque semestre depuis le début de l’épidémie de Covid-19 nous amène la découverte d’un nouveau coronavirus apparenté au sars-Cov-2 (en Thaïlande, au Cambodge et récemment au Laos) et permettant de mieux comprendre l’évolution de ces virus et l’origine de celui qui cause la pandémie actuelle.

En définitive, nous devons envisager les solutions pour empêcher la multiplication des zoonoses. On sait que cela revient à agir sur les causes de leur apparition, qui sont d’ailleurs autant de déterminants de la crise du climat et de la biodiversité : diminuer la conversion des milieux et l’interfaçage qui en résulte entre animaux réservoirs et humains, l’introduction d’espèces exotiques vectrices, les élevages industriels ou le braconnage d’animaux, qui augmentent également les transmissions d’agents infectieux. Continuer à explorer la biodiversité permettra aussi de se tenir prêt à agir en cas de problème et de pouvoir identifier au plus vite pathogènes et réservoirs.

Philippe Grandcolas, directeur de recherche au CNRS et au Muséum national d'Histoire naturelle (UMR 7205, Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité). Extrait de l'ouvrage La Terre, le vivant, les humains (Coédition MNHN / La Découverte), 2022. 

La Terre, le vivant, les humains

  • Coédition Muséum national d'Histoire naturelle / La Découverte
  • 2022
  • Sous la direction de Jean-Denis Vigne et Bruno David
  • 196 × 249 mm
  • 420 pages
  • 45 €

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