Les algues sont des organismes très divers, elles ne constituent pas un groupe monophylétique. Autrement dit les algues bleues, brunes ainsi que la majorité des algues du plancton n’ont pas de liens de parenté avec les algues vertes et rouges. Elles ont des tailles très variées : allant de moins d’un millième de millimètre à plus de 50 mètres.


Présentation
La collection d’algues comporte près de 500 000 spécimens dont de très nombreux types, estimés à 10 000. Les spécimens sont conservés secs, principalement sous la forme de planche d’herbier, dans un liquide ou sous la forme de préparations microscopiques.

Historique
La collection a pris formellement corps avec la création de la chaire de Cryptogamie en 1904. Constituée à partir de la collection de la chaire de botanique, une grande partie des spécimens a été revue et authentifiée par É. Bornet ; elle s'est ensuite considérablement enrichie par le legs de ce dernier en 1911.

Elle comprend des spécimens récoltés depuis le début du 18e siècle jusqu'à aujourd'hui. Les plus anciens spécimens sont ceux que Sébastien Vaillant a récoltés vers 1700 en région parisienne. La collection est aussi le résultat des voyages de circumnavigation et des grandes expéditions scientifiques organisées par le Muséum ou par le ministère de l'Instruction publique. Les spécimens de J.-B. Bory de Saint-Vincent, L. Desaules de Freycinet, J. Dumont d'Urville, L.-I. Duperrey, J. Gaimard, C. Gaudichaud-Beaupré, J. Hombron, C. Jacquinot, R. Lesson, J. Quoy et d’autres y sont ainsi préservés. Mais elle contient aussi les récoltes des grands cryptogamistes qui se sont particulièrement intéressés aux algues, comme C. Montagne, et celles des spécialistes du 19e siècle et du 20e siècle tels que : É. Bornet, A. de Brébisson, A. Gomont, R. Lami, P. Lefébure, J. Feldmann, G. Hamel, P. Hariot, M. Lemoine, L. Mangin, É. Manguin, H. et M. Peragallo, P. Petit, C. Sauvageau J. Tempère, ou G. Thuret. À ces spécimens, il faut associer ceux conservés dans les herbiers dits "historiques", comme ceux de J. Piton de Tournefort, A. von Haller, J.B. Lamarck, M. Adanson ou encore des Jussieu.

Très homogène sur le XIXe siècle par l'apport de nombreuses explorations. La collection d’algues est remarquable au XXe siècle par les récoltes provenant des anciennes colonies françaises. La collection s'accroît de récoltes récentes comme celles de F. Ardré, d'échanges avec les grands instituts comme, par exemple, le Musée canadien de la nature, de dépôts de types et de dons, comme, récemment, les collections de J. Feldmann, F. Magne et R. Delépine. Elle s’élargit désormais largement par la reprise des grandes expéditions naturalistes du Muséum, notamment dans le cadre de La Planète Revisitée, auxquelles participe le groupe phycologique de l’ISYEB (Institue de Systématique, Evolution et Biodiversité). Ces récoltes enrichissent la collection par l’apport de spécimens récoltés à terre ou en scaphandre autonome ainsi que par la constitution de collections de tissu et d’ADN associées à la collection de spécimens.

Activités
L’activité autour de la collection est donc avant tout scientifique. En effet, la présence de très nombreux types, la répartition mondiale des spécimens et leur grand nombre permettent des études taxinomiques, phylogénétiques et de biodiversité (dia et synchronique). Ces caractéristiques en font le plus grand outil de sa catégorie dans le monde. La collection d'algues est aussi une collection historique en ce sens que les spécimens conservés, souvent associés à des dessins et des notes, peuvent servir de base à une recherche sur les réseaux de collecteurs, sur l'évolution des pratiques naturalistes ou sur l'histoire des zones explorées.