Les herbiers historiques, comprenant environ 150 000 spécimens aujourd’hui, sont conservés séparément. Les plus importants sont encore classés selon l’ordre suivi par leurs concepteurs, dans les ouvrages où ceux-ci ont décrit des plantes ou élaboré des systèmes de classification. Parmi ces grands auteurs on peut citer les Jussieu actifs au Muséum pendant trois générations (des années 1710 aux années 1850), Michel Adanson (1727-1806), Jean-Baptiste de Lamarck (1744-1829), André Michaux (1746-1803), René-Louiche Desfontaines (1750-1833), Alexander von Humboldt (1769-1859) et Aimé Bonpland (1773-1858). En général, ces collections couvrent un spectre taxonomique très large (plantes vasculaires et non vasculaires) et ont une répartition géographique assez vaste également.

Parmi ces collections conservées séparément, on trouve aussi des objets de format particulier. C’est le cas d’anciens herbiers reliés tels ceux de Jehan Girault (ce petit livre date de 1558 et est entré grâce à la famille Jussieu), de Jean-Jacques Rousseau (15 classeurs contenant des types de Guyane récoltés par Jean-Baptiste Fusée Aublet) et d’Albrecht von Haller (XVIII^e siècle). Enfin, certains herbiers sont rangés dans ces collections, en raison de leur singularité comme l’herbier Léon Mercurin (XX^e siècle), dont les spécimens, montés très finement sur du bristol, sont très jolis.

Au XVII^e siècle, les botanistes fondent et consultent les cabinets d’histoire naturelle. Ils annotent les échantillons et décrivent de nouvelles espèces. L’herbier de Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708), nommé botaniste au Jardin du Roi en 1683 et à l’origine d’un grand développement de la botanique, deviendra statutairement le premier herbier historique.

Les herbiers historiques sont constamment consultés par les systématiciens. Des images numériques sont faites sur demande des chercheurs. Les historiens des sciences et de la botanique en particulier, sont également très intéressés par l’étude de ces collections. Elles sont prêtées sous conditions, uniquement pour des expositions.