Animaux diurnes, les vigognes vivent sur l’altiplano, les hauts plateaux arides de la cordillère des Andes.  

Les groupes familiaux se composent généralement d’un mâle reproducteur, de trois ou quatre femelles et de leurs petits. Tous les jours, matin et soir, ces groupes se déplacent entre le territoire où ils se nourrissent, situées généralement proche d'un point d'eau, et celui où ils se reposent, plus en altitude. 

Les mâles commencent à se reproduire après s’être établis sur un territoire et s’être constitué un harem de femelles. En attendant, les jeunes mâles forment des groupes de « célibataires ». 

Ce camélidé sauvage est très craintif ; en cas de danger, il peut atteindre près de 50 km/h, en se servant de son long cou comme balancier. Sa toison est constituée de poils particulièrement fins qui permettent de tisser une laine de très haute qualité, procurant une excellente isolation au froid ; ces fibres précieuses valent d'ailleurs à la laine de vigogne le surnom d'« or des Andes » ! Fait remarquable, la vigogne est encore aujourd'hui l'un des rares animaux exploités pour leur laine sans que l'espèce n'ait été domestiquée. 

Déjà chassée à l’époque des Incas, la vigogne a vu ses populations atteindre un niveau critique dans les années 1960, notamment suite à l’intensification de la chasse commerciale. Grâce à un effort international et à la création d'aires protégées, l'espèce bénéficie aujourd'hui d'une protection stricte et comptait en 2018 désormais plus de 500 000 individus, avec des populations en augmentation sur la plupart des sites naturels. Elle reste toutefois menacée par la compétition avec les troupeaux domestiques, la pollution des cours d'eau et la perte de son habitat, notamment en raison des exploitations minières. 

Dans les parcs zoologiques européens, la vigogne fait l’objet d’un programme d’élevage (EEP) auquel participe la Ménagerie et le Parc zoologique de Paris.