L’ensemble de la collection des champignons est regroupée en "fungarium" (ce terme fait opposition au terme "herbarium" réservé aux collections de plantes). On y trouve non seulement les vrais champignons (règne des Mycota), y compris ceux de taille microscopique invisibles à l’œil nu, mais aussi les oomycètes (règne des Chromista) ou encore les myxomycètes (règne des Protista).


Présentation
Le fungarium du Muséum est une des plus grandes collections d’organismes fongiques au monde et son intérêt particulier réside dans le nombre important de collections historiques comportant de nombreux spécimens-types. La quasi-totalité des spécimens de référence pour la France métropolitaine sont présents dans l’herbier de mycologie, ainsi que de nombreuses récoltes des anciennes colonies françaises, et des territoires d’outre-mer actuels.
Contrairement à l’homogénéité des planches d’herbier utilisé en phanérogamie, le mode de mise en collection est très variable en mycologie. La plupart des spécimens sont conservées à sec dans des boites en carton ou d’allumettes (notamment pour les myxomycètes), de piluliers, de livres reliés ou dans des enveloppes fixées sur des planches d’herbier. Actuellement les spécimens nouvellement récoltés sont le plus souvent rangés dans des pochettes plastiques de taille variable. Les spécimens secs sont souvent associés à des dessins, à des aquarelles ou à des photos et bénéficient parfois de notes plus ou moins détaillées prises sur le frais. Quelques anciennes collections de champignons tropicaux sont encore conservées dans l’alcool ou le formol (conservés en dehors de l’espace herbier : alcoothèque), tandis que certains groupes très particuliers de champignons microscopiques (par ex. Laboulbeniomycètes et Trichomycètes) sont conservés sous forme de préparations microscopiques.

La collection de champignons continue de s’enrichir grâce aux nombreuses missions de terrain (B. Buyck, B. Duhem…) un peu partout dans le monde, mais aussi grâce aux programmes d’inventaires (Mercantour, Mayotte, Madagascar…), aux échanges institutionnelles et aux legs d’herbiers et dépôts de types par nombre de mycologues amateurs et professionnels contemporains. A ce jour, seulement une toute petite fraction des collections a été inventoriée et est accessible sur internet. Une partie importante de l’activité menée autour des collections consiste actuellement à intensifier ce catalogage.

Historique
Le fungarium est constitué pour partie d’un herbier général résultant de la fusion de diverses collections d’importance variable et par un enrichissement permanent des chercheurs du muséum. Il est organisé selon un ordre systématique et/ou alphabétique. Certaines parties de la collection sont maintenues dans leur structure originale, notamment pour des raisons historiques, pratiques, voire juridiques.
Parmi les secondes, pas intégrées à l’herbier général, on peut citer : E. Boudier, A. Maublanc, J.H. Léveillé, J.B.H.J. Desmazières, A.L.A Fée, D.F. Delise, H. Bourdot & A. Galzin, A.M. Hue, P.L. Crouan, J. Blum, R. Heim, G. Viennot-Bourgin, G. Métrod, H. Romagnési, R. Henry, B. Buyck, B. Duhem. Les collections de C. Montagne et G.A.Thuret & J.B.E. Bornet ont une importance particulière par leur taille et par le fait qu’elles rassemblent la totalité des "cryptogames".

Un certain nombre de mycologues ou lichénologues prestigieux sont illustrés dans l’herbier général par les spécimens récoltés, étudiés ou échangés : C.H. Persoon, L. Dufour, W. Nylander H.A. Weddell, J. Müller (Argoviensis), G. de Notaris, C. & L.R Tulasne, M. Leprieur, L. Quélet.

Activités
Suite aux récents bouleversements de la classification des champignons, les collections continuent à servir activement de support aux nombreuses recherches taxinomiques internationales visant à délimiter, regrouper, nommer et décrire les espèces fongiques dont plus de 95 % n’ont toujours pas de nom scientifique. Ces collections ont aussi servi d’inspiration et de support didactique pour le Salon du Champignon qui a été organisé annuellement, pendant 100 ans entre 1904 et 2004, au Jardin des Plantes.
Depuis une vingtaine d’années, elles sont le plus souvent exploitées dans le cadre d’études moléculaires visant à contribuer aux connaissances de l’histoire évolutive de chacun des clades fongiques. Dans ce but, et ceci depuis 2005, la majorité des nouveaux spécimens déposés est accompagnée de tubes contenant des morceaux de tissus frais conservés dans du CTAB (Cetyl trimethylammonium bromide), tampon physiologique permettant une préservation optimale de l’ADN du champignon à température ambiante. Ainsi, cette collection d’environ 9000 tubes permet une meilleure exploitation fondée sur le séquençage d’ADN, notamment dans le cadre d’études phylogénétiques multigènes.

L’herbier de mycologie est sous la responsabilité de deux chargés de conservation, Bruno Dennetière pour les espèces lichénisées (en symbiose avec une algue), et Bart Buyck pour les autres espèces et la collection de tissus. Les nombreux prêts et consultations sont gérés avec l’assistance de Lionel Kervran.