Lors des escales, Commerson et Barret vont sur le terrain pour observer la flore et réaliser des prélèvements. Elle collecte des spécimens de faune et de flore et transporte le matériel. Celui-ci, lourd et encombrant, justifie que la cabine du capitaine de L’Étoile soit réservée aux deux botanistes. Si les 1 735 spécimens conservés au Muséum sont officiellement attribués à Commerson, il est raisonnable de penser qu’une partie d’entre eux ont été collectés et identifiés par son assistante. En effet, Commerson souffre d’un ulcère à la jambe qui rend ses déplacements difficiles. Bougainville mentionne par ailleurs les compétences de Jeanne Barret en la matière, la qualifiant de « botaniste exercé [sic] » dans son Voyage autour du monde.

Jeanne Barret n’est pas du voyage retour de L’Étoile, car elle s’installe avec Commerson sur l’île Maurice, appelée alors « île de France », où ils poursuivent leurs travaux. À la mort de Commerson, elle rentre en France, où elle est accusée d’avoir enfreint le Code naval. Soutenue par Bougainville, elle obtient une reconnaissance officielle, avec les félicitations du roi et le versement d’une pension annuelle.

Les sources autour de Jeanne Barret se concentrent souvent sur sa relation personnelle avec Commerson, ou sur la découverte fortuite de son identité. Sa contribution à la botanique, elle, reste méconnue et, surtout, difficile à quantifier. Son nom aurait-il pu être donné à des espèces qu’elle a collectées ?

Les manuscrits de Commerson, conservés à la Bibliothèque centrale du Muséum, portent trace de son projet de nommer un genre botanique d’après Jeanne Barret, mais trahissent également certaines hésitations. Dans le manuscrit d’Insularum Borbonicarum florilegium, commencé en 1768, le nom Baretia bonafidia est biffé au profit d’Arabella, tandis qu’un spécimen récolté en 1769 à l’île Maurice et conservé à l’Herbier national comporte bien sur son étiquette le nom de Baretia bonafidia. Dans tous les cas, Commerson meurt avant d’avoir concrétisé tout projet de publication. Au retour des spécimens à Paris, en 1773, le genre botanique concerné comporte déjà un nom attribué par Linné : les Turraea.

Contrairement à Bougainville ou à Commerson lui-même, l’apport de Barret à la science botanique n’était donc pas directement visible dans la nomenclature. La situation a inspiré les botanistes contemporains qui, en 2012, attribuent le nom de Solanum baretiae à une plante herbacée du Brésil et, en 2023, celui de Baretia lanata à une nouvelle espèce de la flore du Chili.