Roches et minéraux, animaux et végétaux naturalisés, fossiles ou vivants, objets préhistoriques, anthropologiques ou encore ethnologiques composent les collections naturalistes. Au total, 68 millions de spécimens sont conservés et assemblés en collections, elles-mêmes regroupées en ensembles. Accompagnées des collections documentaires, archivistiques et artistiques, ces collections représentent près de quatre cents années de connaissances d’histoire naturelle.