« Les microbes, alliés de la santé de notre planète »

En 1994, l’ouverture de la Grande Galerie de l’Évolution offrait un espace inédit dédié à l’évolution, à la biodiversité et aux relations de l’Homme avec son environnement. 30 ans après, quelle est désormais notre vision de notre planète ? Et quelles sont nos connaissances de sa biodiversité ?
Des chercheurs du Muséum font le point. 

Marc-André Selosse, biologiste spécialiste en botanique et mycologie, professeur du Muséum national d’Histoire naturelle, nous invite à revisiter le monde des microbes pour repenser nos liens avec le vivant.  

Comment passe-t-on de l’étude des microbes à la protection de la biodiversité ?

Marc-André Selosse, biologiste spécialiste en botanique et mycologie, professeur du Muséum national d’Histoire naturelle

Marc-André Selosse, biologiste spécialiste en botanique et mycologie, professeur du Muséum national d’Histoire naturelle

© MNHN - J.-C. Domenech

Passionné par les champignons depuis l’enfance, je me suis particulièrement intéressé à ceux qui, vivant dans le sol sous forme de filaments microscopiques, sont associés aux racines des plantes. Ces champignons apportent aux plantes les nutriments présents dans le sol et se nourrissent en échange du sucre issu de la photosynthèse réalisée par ces plantes.

L’étude de ce système d’échange, appelé la mycorhize, m’a plongé dans le monde microbien. Mais je me suis ensuite initié à l’écologie évolutive (qui étudie les systèmes écologiques et l’évolution du vivant), car j’ai saisi qu’il était indispensable d’appréhender l’ensemble des relations du vivant et des milieux et leur dynamique dans le temps afin de comprendre et préserver la biodiversité. 

Je suis en effet préoccupé par la nécessité d’agir pour protéger notre environnement ; or cela implique une vision globale. Nous subissons par exemple aujourd’hui les limites du labour, des pesticides ou des OGM, car ces techniques ont été conçues pour répondre à des problématiques spécifiques, de façon immédiate. Nous avons négligé d’envisager leurs effets collatéraux, écologiques et à long terme, qui se parfois sont révélés nuisibles.

En quoi la connaissance des microbes peut-elle aider à préserver la biodiversité ?

Le problème avec les microbes c’est qu’ils ne sont pas visibles. Or paradoxalement, les champignons (formés de filaments microscopiques), les bactéries, les amibes, les virus sont présents partout et massivement. Un seul gramme de sol renferme plusieurs milliers d’espèces de bactéries, un millier d’espèces de champignons et quelques centaines d’espèces d’amibes. Ils sont invisibles, mais pourtant si abondants que les conséquences de leur existence sont manifestes et majeures. 

Les microbes ont façonné la Terre. L’oxygène est apparu à sa surface il y a 400 millions d’années, quand des cyanobactéries ont acquis la photosynthèse. Durant ce processus qui leur permet de fabriquer de la matière organique en utilisant de l’eau et du CO2, elles produisent un déchet : l’oxygène. D'autres bactéries émettent des gaz à effet de serre (CO2, méthane…) qui contribuent à maintenir des températures favorables à la vie sur notre planète. Les microbes forment aussi les sols. Ils attaquent la roche et les matières organiques pour se nourrir et, ce faisant, ils libèrent des nutriments nécessaires à la croissance des plantes. 

Nous savons également que les microbes se logent à la surface, mais aussi à l’intérieur des plantes et des animaux, où ils forment ces microbiotes indispensables au bon fonctionnement des organismes – dont nous-mêmes.  Non seulement les microbes déterminent l’environnement physico-chimique où nous nous trouvons et où nous nous nourrissons, mais ils nous construisent nous-mêmes. Tout ce que nous voyons est le résultat de leur présence.   

Quelles menaces pèsent sur ce monde minuscule et avec quels impacts ?

La prise de conscience de l’importance des microbes est récente et n’a malheureusement encore gagné ni le grand public ni les décideurs, ce qui entraîne de graves conséquences. 

En agriculture, le labour détruit les champignons qui nourrissent les plantes, puis nous utilisons des engrais qui font que la plante ne s’associe plus aux champignons formant des mycorhizes. L’agriculteur paye pour réaliser coûteusement ce que pourraient faire les microbes, tandis que les engrais polluent les eaux douces et littorales, contribuant à des proliférations problématiques d’algues. Les pesticides et toutes les molécules potentiellement dangereuses que nous répandons dans l’environnement intoxiquent aussi les microbes.

Une grosse aberration réside dans notre usage des bactéricides ménagers ou sanitaires. Il faut cesser d’en faire un argument publicitaire, car les microbes sont utiles. Par exemple, l’hygiène buccale repose certes sur l’évitement de la plaque dentaire, mais elle dépend tout autant de la présence de microbes dans la bouche qui empêchent l’installation de bactéries indésirables.

Par le biais de notre alimentation ou de nos pratiques d’hygiène, nous ingérons ou mettons sur notre peau des quantités de molécules toxiques pour le microbiote : antioxydants, émulsifiants, édulcorants, etc. Ces pratiques sont en partie responsables des problèmes de santé modernes : la baisse de 1,5 à 3 fois du nombre d’espèces présentes dans les microbiotes modernes en Occident contribue à la recrudescence de maladies du métabolisme (obésité ou diabète), des maladies du système immunitaire (maladie de Crohn, allergies, asthme) ou des désordres du système nerveux (maladie de Parkinson, Alzheimer, ou encore l’autisme, multiplié par 10 en Europe ces 30 dernières années).

Quelles pourraient être les solutions ? 

Il est impossible de protéger les microbes un à un tant leurs populations sont énormes. Ce qu’il faut, c’est donc préserver les milieux et les conditions dans lesquels ils vivent. D’autant que, sans microbes, il y a de fortes chances que leurs organismes hôtes disparaissent également. Il faut au contraire utiliser les microbes pour élaborer des solutions de santé et de production qui préservent le vivant. Et ces solutions existent.

En agriculture, il est possible de réduire l’usage de pesticides en sélectionnant des variétés résistantes à un ou plusieurs pathogènes. Par exemple, en viticulture, on a développé des vignes résistantes à l’oïdium et au mildiou.

L’agriculture de conservation offre une alternative au labour en couvrant le sol de végétaux. Cette agriculture occupe seulement 4 % de notre territoire. Elle présente pourtant de multiples bénéfices : non seulement elle maintient la biodiversité microbienne du sol, mais en accumulant la matière organique, elle stocke du carbone, retient davantage l’eau et prévient l’érosion.

Sur le plan individuel, nous pouvons reconstruire notre immunité en entretenant notre microbiote. Cela implique de revoir nos habitudes d’hygiène lorsqu’elles sont excessives : pas de douche quotidienne - en utilisant le gant sur les parties malodorantes -, alternance de douches frottées et douches savonnées. Préférons tout cela avec des savons secs, car au contraire des produits liquides qui se passent plus d’antioxydants, d’émulsifiants et de bactéricides.

Pour nourrir notre microbiote intestinal, nous devons manger des fibres : 5 portions (90 g) de fruits et légumes par jour et une vingtaine de végétaux différents par semaine, céréales incluses, en évitant les aliments ultra-transformés. Il est également bénéfique de consommer des produits fermentés (yaourts, choucroute, etc.).

Les solutions consistent donc à éviter les composants nocifs et à adopter des produits positifs issus du vivant, en explorant les principes à l’œuvre dans la nature.

Cependant, peu de solutions inspirées par le vivant s’appuient aujourd’hui sur les microbes. D’une part, parce que les connaissances sont récentes et, d’autre part, parce que l’on peine à les prendre en considération, même quand elles sont anciennes : 130 ans après la découverte du rôle des champignons des mycorhizes, ils ne sont toujours pas utilisés en sylviculture.

Les gens peinent à croire que des éléments aussi petits que les microbes sont capables de choses positives et importantes. Les immobilismes techniques et culturels sont également en cause. Certaines professions se cramponnent aux méthodes du passé, dans l’indifférence générale des citoyens qui ne voient pas l’urgence d’opérer une transition.

Ce ne sont pas les solutions qui sont limitantes, c’est notre capacité à les mettre en œuvre. En fait, les choses avancent seulement lorsque nous sommes acculés. Aujourd’hui, nous nous intéressons au microbiote uniquement en raison des problèmes de santé humaine. Il est vital de transmettre la connaissance et la conscience de l’environnement dans lequel nous vivons.

Quels sont les leviers citoyens dont nous disposons pour agir ? 

Outre les habitudes de santé et d’hygiène, pour entretenir son microbiote, les gestes pour l’environnement sont le compostage, le tri des déchets pour nourrir les sols et leurs microbes de nos déchets… Il faut aussi agir à l’échelle collective. Il est impensable de voter pour un candidat qui n’a pas un mot pour l’environnement. Où que vous viviez, quelle que soit votre activité, votre environnement peut soit vous abîmer, soit vous être bénéfique. C’est un fait scientifique. Nous avons donc besoin de responsables qui s’en préoccupent. Ils doivent être dotés d’une vraie vision environnementale et opérer un changement de politique. Et que l’on ne me dise pas que c’est impossible : nous avons su construire des usines, adopter des produits nouveaux, passer à la fibre optique… 

Enfin, et c’est le plus important, l’urgence absolue est de former les jeunes générations à mieux comprendre ce qui construit leur santé et leur avenir, notamment dans un monde de microbes. Or, aujourd’hui, l’enseignement des Sciences de la Vie et de la Terre est nul en primaire et atrophié dans le Secondaire, voire facultatif en Première et Terminale. Il est pourtant fondamental de développer la conscience de notre environnement et de ses propriétés. C’est pourquoi j’ai rejoint le Muséum qui diffuse les connaissances scientifiques et une approche pluridisciplinaire pluridisciplinaire du vivant et de l’Homme. J’œuvre également au sein de BioGée, la fédération qui réunit des sociétés scientifiques, des associations citoyennes, des fondations d’entreprises et des institutions (dont le Muséum) pour diffuser à tous la connaissance du vivant. C’est notre rôle de scientifiques.

Il est impératif d’expliquer que nous vivons dans un monde de microbes, la façon dont nous en dépendons, et comment cette dépendance peut être tournée en outil. Le contraire serait un crime par omission contre les générations futures.

Interview réalisée en avril 2024. Remerciements à Marc-André Selosse, biologiste spécialiste en botanique et mycologie, professeur du Muséum national d’Histoire naturelle, Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (UMR 7205)

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