Au cours des dernières décennies, le séquençage des molécules d’ADN s’est très largement généralisé grâce aux progrès technologiques et la baisse des coûts. Cette démocratisation a permis au Muséum et à ses chercheurs de s’investir dans ces activités de séquençage de l’ADN.


Présentation
La diversité et l’ampleur des collections du Muséum offrent une très vaste ressource pour la production de données moléculaires. Les invertébrés marins sont particulièrement concernés. Depuis les années 2000, l’ADN de nombreux spécimens en collection a été extrait et séquencé. Dans une logique de traçabilité, une collection d’extraits d’ADN s’est alors constituée. Cette collection est conservée à - 20°C dans le tampon d’extraction de l’ADN. Elle comprend (en 2014), un ensemble de 25 000 mollusques (dont 38 holotypes et 87 paratypes), et plus de 4 500 crustacés (dont 167 holotypes et 357 paratypes).

Historique
Les activités de séquençage dans un but de barcoding ADN ont débuté en 2008 dans le cadre du programme MarBoL (Marine Barcode of Life). L’objectif de ce projet était de caractériser moléculairement les mollusques et les crustacés marins des collections du Muséum par le séquençage d’un fragment du gène COI, utilisé pour ses capacités à discriminer les différentes espèces animales (d’où le terme de "barcode ADN"). Des collections de prélèvements de tissus et d’extraits d’ADN ont alors été créées en parallèle de l’activité de séquençage. Le défi a été de conserver un lien sûr et pérenne entre les spécimens, les prélèvements, les extraits d’ADN et les séquences nucléotidiques produites. Ce programme a joué le rôle de pilote et a permis la mise en place de la chaîne de travail qui assure la traçabilité et la qualité des données.

Activités
Ce protocole de gestion des données moléculaires s’inscrit aujourd’hui dans un contexte plus large que le projet MarBoL. Il est adapté à toutes les collections du Muséum et tous les projets de recherche incluant une analyse de l’ADN de spécimens conservés dans les collections. L’enrichissement et la gestion de ces collections de tissus et d’ADN s’effectue uniquement grâce au soutien des expéditions scientifiques récentes et des projets de recherche associés (phylogénie, taxonomie intégrative, processus évolutifs…).

Contacts
Sarah Samadi
sarah@mnhn.fr
Nicolas Puillandre
puillandre@mnhn.fr
Julien Brisset
brisset@mnhn.fr