Une expérience collective autour du kéfir, ces grains mystérieux

Pourquoi un tel intérêt aujourd’hui pour le kéfir de fruit en particulier, et les boissons fermentées en général ?

Effectivement, le kéfir coche toutes les cases pour en faire une boisson à la mode :

• C’est une boisson faite à base de fruits, elle est donc végétale.
• Elle est faite maison. On a le contrôle, et on sait d’où ça vient.
• De plus, elle bénéficie de l’engouement autour des aliments fermentés. Dans l’esprit commun, manger fermenté permet de prendre soin de sa santé, de son microbiote.

Avec le kombucha1, il ne s’agit pas d'aliments nouveaux, mais d’une "redécouverte" et d’une popularisation de ces boissons. Cela va de pair avec la volonté de manger mieux, de s’occuper de son "2^e cerveau", c’est-à-dire de son microbiote intestinal.

En fait, ces boissons existent depuis longtemps, c’est seulement que l’on n’en parlait moins avant. Les témoignages écrits les plus anciens que l’on ait trouvés remontent à plus d’un siècle : on trouve notamment un article scientifique sur le kéfir de fruit écrit en 1899 ! Il faut aussi considérer que de nombreuses pratiques sont passées sous les radars depuis, ce qui peut expliquer l’absence de connaissances autour du kéfir.

Aujourd’hui, les producteurs commencent à se multiplier : d’une unique référence il y a à peine 15 ans, on trouve aujourd’hui une bonne dizaine de marques dans les magasins bios, et même en grande surface !

• 1Une autre boisson fermentée reposant aussi sur l’utilisation d’une symbiose levure/bactérie pour sa fabrication.

Quel est l’objectif du projet de sciences participatives "kéfir ensemble" ?

Il y a quelques années, nous avons commencé une "kéfirothèque" dans l’idée de collecter des souches de kéfir de fruit venant de tous les coins de la France (et au-delà) et d’évaluer leur diversité. Aujourd’hui, nous avons plus d’une centaine de souches. Le séquençage de l’ADN génomique de quelques-unes d’entre elles nous a permis de mettre en évidence une vraie biodiversité, avec bien sûr quelques espèces que l’on retrouve souvent d’une souche à l’autre, mais aussi beaucoup d’autres qui sont vraiment spécifiques à certaines souches.

Au laboratoire, on a ensuite "déconstruit" méthodiquement une de ces souches, dans l’idée de comprendre comment fonctionnent les synergies entre les différents microorganismes. Cela nous a permis de voir comment évoluait un grain de kéfir et son consortium microbien quand il changeait d’environnement, comme cela se produit lorsque qu’un grain est transmis à quelqu’un d’autre. Nous avons aussi pu observer que certains consommateurs de kéfir recommandent des souches spécifiques de grains plutôt que d’autres. Une question se pose alors : quelle est la spécificité et la stabilité de ces consortiums de microbes une fois manipulés et cultivés dans un autre environnement.

C’est donc vraiment ce que ce projet de sciences participatives permettra de savoir : est-ce-que les grains changent ou pas, est-ce-que les équilibres microbiens varient selon les pratiques de l’utilisateur ? En partant du même lot de grains, nous avons proposé à un millier de personnes de cultiver chez eux ces grains de kéfir pendant 1 an. Ensuite, nous récupèrerons les grains et analyserons leur ADN pour voir s’il y a eu une évolution.

Nous pourrons ainsi savoir si, avec la transmission du grain, on transmet une souche qui est vouée à changer et si oui, en combien de temps, et si cette biodiversité se crée sur quelques semaines ou sur quelques années.

Remerciements à Christophe Lavelle, chercheur au Muséum national d'Histoire naturelle (UMR 7196-U1154-Structure et Instabilité des Génomes), et Alexandra Joubert, ingénieure d'étude au Muséum national d'Histoire naturelle (UMR 7196-U1154-Structure et Instabilité des Génomes), pour leur relecture et leur contribution.