Définis au XVIIIe siècle par Carl von Linné comme des organismes qui croissent, vivent et sentent, les animaux sont aujourd'hui reconnus comme des êtres vivants pluricellulaires dont la paroi du corps est constituée de 2 couches de cellules. Ils ont la faculté de locomotion et sont hétérotrophes : leur énergie provient de composés organiques, autrement dit, ils se nourrissent d'autres organismes !
Muséum et animaux : de l'histoire ancienne
D'abord dédié à la botanique, le Muséum se penche très vite sur le règne animal. Les premiers voyageurs naturalistes rapportent des dessins zoologiques puis, au XVIIIe siècle, des animaux, morts ou vivants. Momies d'ibis ou de chats, squelettes d'oiseaux ou d'insectes, fossiles, prennent place dans les cabinets de curiosité tandis que bison, casoar et autres animaux rares sont abrités dans les premières ménageries.
- 1718-1793 : les débuts de l'histoire naturelle
Un monde de diversité
Aujourd'hui, l'une des principales vocations du Muséum est le respect et la sauvegarde de la diversité des espèces animales. Celle-ci, reflet de la grande variété des milieux naturels, est notamment mise en scène dans la nef de la Grande Galerie de l'Évolution.
- L'Acte I de la Grande Galerie de l'Évolution

Les réserves du Muséum recèlent de nombreuses collections d'animaux (150 millions d'insectes, 1 million de poissons et de reptiles, 200 000 oiseaux, 150 000 mammifères...), conservés à sec (herbiers, momies, empaillage) ou dans des bocaux de formol ou d'alcool.
- Éponges
- Méduses, coraux, anémones...
- Mollusques
- Araignées, crustacés, scorpions...
- Insectes
- Oursins, étoiles de mer, concombres de mer...
- Vers et divers
- Poissons
- Amphibiens
- Reptiles
- Oiseaux
- Mammifères
La rencontre avec les animaux vivants
À la fois sujets d'émerveillement et objets d'études, de nombreux animaux vivants (environ 5000 sur l'ensemble des sites) évoluent dans les différents parcs zoologiques et animaliers du Muséum. Parmi eux, des espèces rares ou en voie d'extinction.
- la Ménagerie du Jardin des Plantes
- le Parc Zoologique de Paris
- la réserve de la Haute-Touche

Certains sites sont consacrés à des milieux particuliers, comme la vie animale de l'océan Atlantique, ou à des groupes particuliers comme les oiseaux.
- la station de biologie marine de Concarneau
- le parc zoologique de Clères
La découverte d'animaux morts ou disparus
Les millions d'espèces, toujours vivantes ou déjà éteintes, que la Terre a abrités depuis que la vie est apparue ont une histoire et des principes d'évolution complexes et passionnants. Ceux-ci sont exposés, sous formes d'animaux naturalisés ou de squelettes, à la Grande Galerie de l'Évolution.
- l'Acte II de la Grande Galerie de l'Évolution
- la salle des espèces menacées et des espèces disparues

Dinosaures, mastodontes, oiseaux géants... Les ancêtres des animaux que l'on connaît aujourd'hui sont disposés selon leur ordre d'apparition sur terre.
- la galerie de Paléontologie

Troublantes ressemblances, décisives différences... C'est ici l'occasion unique de comparer le monde des vertébrés en observant leurs squelettes.
- la galerie d'Anatomie comparée
L'étude des animaux
Différents départements de recherche permettent d'étudier le monde animal avec des angles d'approches complémentaires : ils font l'inventaire taxonomique du vivant et s'attachent à comprendre sa diversité, ils analysent le fonctionnement des organismes vivants et les interactions entre eux et leurs milieux ; ils étudient, pour mieux les gérer, les processus qui contribuent à la diversité des formes et des fonctions.
- le département Systématique et évolution
- le département Ecologie et gestion de la biodiversité
- le département Milieux et peuplements aquatiques
- le département Régulation, développement et diversité moléculaire

La recherche s'appuie sur plusieurs collections qui dépendent des différentes unités de recherche.
- Spongiaires
- Cnidaires
- Brachiopodes, Phoronidiens, Hémichordés...
- Bryozoaires
- Mollusques marins, terrestres et d'eau douce
- Méiofaune
- Onychophores

- Plathelminthes parasites
- Nématodes parasites
- Nématomorphes et autres petits groupes
- Annélides
- Hirudinées

- Myriapodes
- Arachnides
- Crustacés

- Insectes fossiles
- Aptérygotes
- Coléoptères
- Diptères, Aphaniptères, Anoploures...
- Hémiptères
- Hyménoptères
- Lépidoptères
- Orthoptéroides
- Odonates et autres ordres

- Echinodermes
- Ascidies

- Poissons
- Reptiles et Amphibiens
- Oiseaux
- Mammifères

- Anatomie comparée

- Invertébrés fossiles
- Micropaléontologie
- Vertébrés fossiles

- Cellules et tissus de vertébrés
- Animaux vivants du parc zoologique de Paris
- Animaux vivants de la Ménagerie du Jardin des Plantes
- Animaux vivants du parc zoologique de Clères
- Animaux vivants de l'espace animalier de la Haute-Touche
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