Les activités scientifiques, c'est-à-dire l'ensemble des missions de recherche, d'enseignement, de conservation, d'expertise, de valorisation, de diffusion des connaissances et d'action éducative et culturelle, sont assurées par des départements. Les départements, au nombre de 10, sont répartis en deux types : départements de recherche et départements de diffusion.

La pratique de la recherche moderne en histoire naturelle repose sur la presque totalité des disciplines dites aujourd'hui fondamentales. En ce carrefour que constitue le Muséum national d'Histoire naturelle, la recherche ne peut être raisonnablement conçue qu'en termes de partenariat et d'association à des organismes extérieurs.

Les plates-formes techniques du Muséum ont pour vocation d'apporter un soutien technique aux chercheurs du Muséum, mais peuvent également être ouvertes - pour certaines d'entre elles - à d'autres institutions ou entreprises.

Les nombreuses collections scientifiques sont ici présentées en fonction de leur appartenance taxinomique, ainsi que de leur constitution historique et de leur localisation au sein du Muséum. Vous pouvez adresser une demande de prêt, de visite ou de prélèvement, via les pages de <a href="http://colhelper.mnhn.fr/" style="font-family: Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 11px; color: #45BDE0; text-decoration: underline;">colhelper</a> .

Centre de recherches moderne et ouvert sur le monde, le Muséum travaille à la numérisation de pans entiers d'informations sur ses collections, afin de constituer des bases de données accessibles via Internet.

Certaines bases de données, parfois réalisées en partenariat avec d'autres organismes, rassemblent des collections de données sur le monde vivant : classifications, bibliographies, etc...

Jusqu'au 1er mars vous avez la possibilité d'envoyer une candidature pour participer à un cours intensif "Prehistory at the cross roads of science and conservation / La Préhistoire au croisement de la science et de la conservation" réalisé dans le cadre du programme européen Erasmus.

Le Muséum s’implique toujours plus fortement dans la diffusion des savoirs et propose, dans le cadre de ses formations, des modules d’enseignement en ligne grâce à sa plate-forme de e-learning et à son adhésion à l’Université Numérique Thématique UVED (Université Virtuelle Environnement et Développement Durable).

Les photothèques du Muséum sont une mine de ressources dans l'ensemble des champs disciplinaires de l'histoire naturelle. Elles forment un réseau déconcentré dans les différents départements.

Le réseau documentaire du Muséum est composé de deux bibliothèques centrales (la bibliothèque centrale et la bibliothèque du musée de l'Homme) et de fonds documentaires spécialisés au sein des différents départements scientifiques.