Albert Gaudry, titulaire de la chaire de paléontologie et promoteur des idées évolutionnistes en France, entreprend, à la fin du XIX^e siècle, de présenter à Paris un nouveau lieu consacré à l'Anatomie comparée et à la Paléontologie. " Si, dit-il, l'homme ne peut lire dans l'avenir, et c'est là une des plus dures épreuves de sa destinée, il peut essayer de lire dans le passé. " Indissociable de la Paléontologie, l'Anatomie comparée, professée à l'époque par Georges Pouchet, trouvera sa place sous le même toit. L'endroit est superbe : construite par l'architecte Ferdinand Dutert et ouverte en 1898 en vue de l'Exposition universelle de 1900, la grande galerie de pierre et de métal, longue de près de 80 m, est ornée de nombreuses sculptures d'inspiration naturaliste.

Pour Paul Claudel, la galerie d'Anatomie comparée, était "rien de moins que [le] plus beau musée de Paris [...]. À chacun de mes passages en France, je reviens visiter cette galerie sublime avec un sentiment de vénération religieuse, qui chaque fois, me donne envie d'enlever non seulement mon chapeau mais aussi mes chaussures." Ce sentiment de respect est toujours partagé aujourd'hui, face à cet immense troupeau de squelettes complets qui semble courir en silence dans l'espace central de la galerie d'Anatomie comparée. Des poissons aux oiseaux, des reptiles aux mammifères, de l'homme à la baleine, il est donné à voir toutes les adaptations du squelette des vertébrés en fonction de leur milieu de vie. L'idée : pouvoir comparer les tailles, les formes, les modes de locomotion. Le voyage du deuxième étage n'est pas moins vertigineux. Dans la galerie de Paléontologie, le saut dans le temps est impressionnant : les fossiles exposés illustrent les formes animales qui se sont succédé pendant 600 millions d'années. Vedettes de cette démonstration : les fascinants dinosaures et les mammouths, qui nous dominent à la fois par la taille et par l'âge...

C'est la complémentarité entre la Paléontologie et l'Anatomie comparée que les chercheurs du Muséum ont voulu rendre plus évidente lors de la rénovation partielle de 1998. D'une galerie à l'autre, on parcourt le temps, on observe l'évolution de certains groupes depuis leur origine jusqu'à leur extinction, on découvre leurs descendants actuels. Plusieurs équipes de recherche, composées d'anatomistes, d'archéozoologues, de paléontologues et de systématiciens exploitent toujours ces collections historiques et continuent de les enrichir de nouveaux spécimens.

Installé dans l'escalier monumental des Galeries d'Anatomie comparée et de Paléontologie, l'arbre du vivant aide le visiteur à appréhender la notion de classification du vivant et à se repérer dans la multitude des espèces animales et végétales. Sur le même principe que l'arbre phylogénétique, il présente les relations de parenté entre les organismes vivants et permet de comprendre comment les différents groupes sont liés entre eux.

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