L'infiniment petit a longtemps résisté à l'homme... jusqu'à l'invention du microscope qui a permis d'accéder à une nouvelle dimension. La plupart des collections du Muséum comportent de nombreux échantillons de ces micro-représentants du monde.
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Des microchampignons et des hommes
Un individu microscopique peut se révéler un envahisseur, voire un fléau, lorsqu'il se développe à outrance ! Les moisissures des aliments, la contamination de livres, de vêtements ou d'oeuvres d'art en sont des exemples... Mais sans les champignons, indispensables à la fermentation, on ne pourrait fabriquer ni pain, ni bière, ni fromage. Ce sont aussi des champignons (Penicillium, Cephalosporium) qui ont produit des molécules puissantes pour la lutte contre les maladies bactériennes : la pénicilline et ses analogues.
 
Depuis quand ? Le monde vivant a longtemps été connu de l'homme par ses espèces les plus grandes (1 mm et plus), mais dès la fin du XVIIIe siècle, on commence à détecter des formes de vie invisibles à l'oeil nu.
Quoi ? On trouve des micro-organismes au sein de nombreuses collections vivantes et non vivantes du Muséum, tant mycologiques que minérales, végétales ou animales.
Comment ? Selon les laboratoires, les micro-échantillons sont conservés sur lames, par le froid (cellules vivantes cryoconservées à -196 °C, tissus congelés à -80 °C) ou en alcool à 4 °C pour les poils ou les plumes.
Où ? Tous les laboratoires sont concernés et conservent des échantillons microscopiques à la disposition de la communauté scientifique.

Minuscule mais très divers
Le monde microscopique est... immense. D'ailleurs, cette appellation ne recouvre pas un groupe homogène (du point de vue de la structure ou de la généalogie) ; son seul point commun, c'est d'être invisible à l'oeil nu. Il comporte des représentants de tous les groupes : les champignons (levures et moisissures), les microalgues (algues unicellulaires), les arthropodes (arachnides, crustacés, myriapodes), les vers et protozoaires parasites, les invertébrés marins et, en particulier, la méiofaune (tous les organismes microscopiques qui vivent dans les interstices entre les grains de sables), les annélides, les cellules et tissus de mammifères, d'oiseaux ou d'autres vertébrés, les semences et pollens, les objets de micropaléontologie, de minéralogie, d'entomologie, de géologie (poussières de roches, accumulations de plancton)...
Des outils complémentaires
La vision joue un rôle prépondérant dans la perception et la compréhension du monde vivant. Pour dépasser ses limites, l'homme s'est adjoint des outils rendant perceptibles des phénomènes invisibles, car trop petits ou cachés dans les profondeurs de la matière. Les différents types et générations de microscopes ont bouleversé son rapport à l'Univers. Le premier microscope mis au point fut le microscope optique : il comporte une source lumineuse artificielle réfléchie vers le haut par un miroir et qui parvient à l'oeil au travers de 3 ensembles de lentilles grossissantes. Progressivement amélioré au cours des XVIIIe et XIXe siècles (perfectionnement des verres, de la mise au point, de l'éclairage), il a atteint ses limites de résolution. Le microscope électronique à transmission, plus puissant, fut conçu à Berlin en 1931. Il ne permet d'étudier que des échantillons préparés sous forme de lames ultraminces, car le faisceau d'électrons doit les traverser pour rendre une image. Le microscope électronique à balayage, apparu en 1965, émet un faisceau qui ne traverse pas l'objet : l'image obtenue montre les contours de l'objet avec une bonne résolution et, surtout, en restitue son aspect tridimensionnel (ce qui donne à l'image un relief saisissant).
À l'échelle du micron
Ces 3 principaux types de microscope ont des qualités complémentaires pour percer les secrets des bactéries, qui sont des procaryotes (organisme à cellules dépourvues de noyau), des protistes (animal ou végétal formé d'une seule cellule), des microalgues et autres poussières d'origines variées... Ces micro-organismes diffèrent aussi par leurs dimensions. Certains vivent en colonies (algues, champignons) qui atteignent des tailles macroscopiques. Les amibes ou les flagellés ont une taille de l'ordre de 50 microns ; Trimitus (parasite des termites) ne dépasse guère le micron (1 millième de mm) !
Recherche et applications
La microscopie, notamment électronique, a permis d'atteindre de forts grossissements et de livrer des images de la surface des objets avec un réalisme tridimensionnel spectaculaire. Elle constitue un puissant outil d'investigation pour les chercheurs de nombreuses disciplines. Les spécialistes de l'algothèque, par exemple, se concentrent aujourd'hui sur les microalgues toxiques, avec des applications dans la recherche en agroalimentaire, en cosmétique, en santé publique et alimentaire, puisque les interdictions de consommer certains produits de la mer sont principalement dues à une prolifération d'algues. En fait, toutes les activités de recherche du Muséum sont en relation directe ou indirecte avec les révélations du microscope.
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