Depuis quand ? La collection a été créée au XVIII^e siècle et initiée, notamment, par Georges Cuvier. Très importante, elle a bénéficié des voyages et expéditions qui ont permis d'opérer des descriptions originales, en particulier dans certaines régions lointaines, comme l'Australie ou l'Amérique du Sud.
Quoi ? Elle rassemble des poissons d'eau douce et marins du monde entier : 400 000 spécimens d'animaux non vivants. Près de 13 000 espèces y sont représentées, soit environ la moitié des espèces décrites. Il existe aussi une collection plus historique, utilisée à des fins pédagogiques. Parmi les plus anciens objets : des espèces pêchées dans les eaux du Nil et des momies de poissons découvertes dans les pyramides pendant la campagne napoléonienne.
Comment ? La collection est majoritairement composée de poissons entiers conservés en alcool, de peaux de spécimens présentées en herbier et d'exemplaires naturalisés à sec montés sur socles.
Où ? Très important, c'est un groupe encombrant sur les rayonnages de la Zoothèque (inaccessible au public) ! Les visiteurs peuvent admirer certains spécimens naturalisés ou moulés au rez-de-chaussée de la Grande Galerie de l'Évolution, des squelettes de poissons à la galerie d'Anatomie comparée et des espèces vivantes dans l'aquarium du marinarium de Concarneau.

Microscopiques ou géants, comme certains requins ou certaines raies, les poissons posent moins de problème aux cuisiniers, qui les identifient immédiatement, qu'aux zoologistes, qui ne sauraient les classer dans un groupe naturel homogène ! Nombreux et hétérogène, le groupe des poissons représente à lui seul la moitié des espèces de vertébrés : 26 000. Soit plus que les reptiles, les oiseaux, les amphibiens et les mammifères réunis ! Mais cet animal aquatique, ovipare la plupart du temps, qui respire à l'aide de branchies et qui possède des nageoires, ne possède aucun caractère qui lui soit exclusif. Pourquoi donc ? C'est que, sur l'arbre de la vie, l'ancêtre commun à toutes les espèces de poissons est le premier animal possédant un crâne : cette caractéristique, il la partage avec tous les tétrapodes ! Il se trouve que certaines espèces, comme le dipneuste, a plus de parenté avec l'homme qu'avec d'autres poissons, à qui il ressemble apparemment beaucoup plus !

La collection de poissons a été pionnière, il y a une vingtaine d'années, lorsque le Muséum a procédé à son inventaire informatisé. Celui-ci a abouti aujourd'hui à la constitution d'une importante base de données, accessible sur Internet et utilisée par les scientifiques du monde entier qui y puisent des informations précieuses sur la description des espèces, leur localisation, leur lieu de conservation, etc.
Collection de référence, elle est très souvent sollicitée pour identifier les espèces et est utile aux professionnels de la pêche pour évaluer les ressources disponibles.