Véritables archives de la Terre, les collections du Muséum sont les plus riches du monde, avec celles du British Museum de Londres et celles du Smithsonian Institution de Washington.
Le monde microscopique
Les champignons
Les algues et micro-algues
Les mousses et lichens
Les plantes à fleurs et les fougères
Les méduses, les coraux, les anémones...
Les mollusques
Les araignées, crustacés, scorpions...
Les insectes
Les oursins, étoiles de mer, concombres de mer...
Les éponges
Vers et divers
Les mammifères
Les poissons
Les amphibiens
Les reptiles
Les oiseaux
La Préhistoire
L'anthropologie biologique
Les fossiles
Les minéraux et les gemmes
Les météorites
Les roches et les sédiments
Les documents
Les instruments scientifiques et produits chimiques
L'architecture, le mobilier et les oeuvres d'art