La collection de Lichens est avant tout une collection scientifique : la présence de types et la large répartition des spécimens permet des études taxonomiques, phylogénétiques et de biodiversité dia- et synchronique. La collection de Lichens est aussi une collection historique en ce sens où les spécimens conservés, souvent associés à des dessins et des notes, peuvent servir de base à une recherche sur les réseaux de collecteurs, sur l'évolution des pratiques naturalistes, sur l'histoire des zones explorées, etc. Cette collection comporte 500 000 spécimens conservés secs, ou en préparations microscopiques, représentant l'ensemble du globe terrestre.

La collection a pris corps avec la création de la chaire de cryptogamie en 1904. Constituée à partir de la collection de la chaire de botanique, une grande partie des spécimens a été revue et authentifiée par W. Nylander puis par A. Hue avant 1920. Elle comprend des spécimens récoltés depuis le XVIII^e siècle jusqu'à aujourd'hui. Les plus anciens spécimens sont ceux que Sébastien Vaillant a récoltés vers 1700 en région parisienne. Elle est le résultat des voyages et des grandes expéditions scientifiques organisées par le Muséum ou par le ministère de l'Instruction publique. Mais elle contient aussi les récoltes des grands cryptogamistes qui se sont intéressés aux champignons, comme J.-B. Mougeot ou Camille Montagne, et celles des spécialistes des XIX^e et XX^e siècles, tels A. Fée, A. Hue, W. Nylander, E. Lamy de la Chapelle, H. N. Des Abbayes. La collection de Lichens comporte aussi de nombreux exsiccatae.
À ces spécimens conservés en cryptogamie, il faut associer ceux conservés en phanérogamie dans les herbiers dits historiques (Joseph Pitton de Tournefort, Michel Adanson, Jean-Baptiste de Lamarck, Albert von Haller ou encore les Jussieu).
Très homogène sur le XIX^e siècle par l'apport de nombreuses explorations, elle est remarquable par les récoltes provenant des anciennes colonies françaises, au XX^e siècle.

La collection s'accroît par le biais de récoltes récentes et d'échanges avec les grands instituts. Le service de prêt et l'accueil des visiteurs sont gérés par B. Dennetière.

Une partie de la collection constitue la base de données JASIM2, non accessible actuellement sur Internet. Il s'agit essentiellement des lichens de l'herbier Camille-Montagne.