Le parc zoologique de Clères présente une collection vivante d'environ 1400 animaux de 200 taxons différents, avec une très large majorité d'oiseaux. Les mammifères ne sont représentés que par 8 espèces, dont un groupe important d'antilopes cervicapres, Antilope cervicapra (entre 50 et 70 sujets) et 3 familles de gibbons à favoris, Hylobates leucogenys et Hylobates gabriellae. La collection d'oiseaux se caractérise par des séries intéressantes en Anatidés (environ 70 taxons), presque tous vivant en semi-liberté, ainsi qu'en Phasianidés, présentés en volières (environ 30 taxons). Bien que les animaux rassemblés proviennent de toutes les parties du monde, les espèces asiatiques sont largement dominantes.

Le parc est ouvert au public. L'activité de recherche menée à Clères est centrée sur la collection de Phasianidés. Elle concerne la conservation d'espèces menacées, dans le cadre de programmes internationaux (Studbooks, EEP) menés en collaboration avec l'Association européenne des parcs zoologiques et aquariums (EAZA) et la World Pheasant Association (WPA). Cette conservation s'accompagne de recherche en génétique des populations, plus particulièrement sur le faisan d'Edwards, Lophura edwardsi, qui a servi de modèle d'étude, ainsi qu'en physiologie de la reproduction (mise au point de techniques de cryoconservation du sperme et création d'une banque de semences). La collection est également impliquée dans d'autres domaines de recherche comme la systématique ou l'éthologie.
L'ensemble de la collection est géré par échanges entre parcs zoologiques, dans le cadre des Studbooks et des EEPs. Cependant, certaines espèces ne sont présentées que dans un but pédagogique, lié au rôle traditionnel des parcs zoologiques.
Les échanges et l'accueil des visiteurs scientifiques sont gérés par Alain Hennache, responsable de la collection.

Tous les animaux sont inventoriés dans le système ISIS (International Species Inventory System) depuis 1987 et gérés par le logiciel ARKS, qui permet de retracer très précisément la généalogie des animaux. Cette base de données n'est pour l'heure consultable que par les participants à ISIS.