La collection nationale de Poissons du Muséum, constituée dès le XVIII^e siècle (vers 1750), est l'une des plus importantes et plus anciennes au monde. En juin 2005, elle regroupe quelque 450 000 spécimens (115 000 lots) qui représentent près de 13 000 espèces valides, soit environ la moitié des espèces décrites. Les spécimens proviennent du monde entier, des eaux douces et marines, des lacs d'altitude jusqu'aux abysses, de l'Arctique à l'Antarctique en passant par les zones tropicales. Les spécimens sont majoritairement conservés en alcool, naturalisés en herbier, ou montés sur socle. L'intérêt scientifique incontestable de la collection est sa richesse en spécimens types (plus de 20 000). Un certain nombre de ces types ont été référencés dans une série de publications initiée par L. BERTIN en 1939 : les catalogues de types de poissons du MNHN (liste des catalogues). Ils sont en grande partie disponible sous forme de tirés-à-part.

La principale activité des conservateurs de la collection nationale, au cours des dernières années, a été l'informatisation et la mise en ordre de la collection, la publication de catalogues de types, l'incorporation des données provenant des autres musées d'histoire naturelle de France et la coordination avec des bases de données internationales, et plus particulièrement avec FISHBASE, dont le MNHN est membre du consortium, en coopération avec plusieurs grands musées du monde et le GBIF. Ces dernières années les collections d'ostéologie, de tissus et d'otolithes ont également été informatisées. Chacune de ces collections contient environ 1000 échantillons. D'autre part, de nombreuses photos et radios sont en cours de numérisation.

La collection s'enrichit en permanence par de nouvelles acquisitions ainsi, 44 000 lots représentant environ 200 000 spécimens sont entrés dans la collection nationale de 1991 à 2004 (soit plus de 6 000 par an).
L'équipe met spécimens et informations à disposition des chercheurs du monde entier, soit au cours de visites, soit par prêt, pour des études taxinomiques, biogéographiques, écologiques et d'anatomie comparée ; elle prête aussi des spécimens de valeur historique ou pédagogique indéniable pour la réalisation d'expositions publiques. De nombreux visiteurs (français ou étrangers) fréquentent la collection d'ichtyologie du MNHN pour examiner les spécimens en collection, pour des durées allant de quelques jours à plusieurs mois, chaque année et 5 500 spécimens ont été expédiés en prêt depuis 2000 (environ 900 par an).

La collection d’ichtyologie est cataloguée et informatisée grâce à une base de données, GICIM, développée sur ORACLE. GICIM signifie 'Gestion Informatisée des Collections Ichtyologiques des Musées d'histoire naturelle de France'. Cette base de données inclut, depuis Juillet 1998, les données sur tous les poissons enregistrés en collection au Muséum national d'histoire naturelle (MNHN) et les données sur les spécimens-types en collection au Muséum d'histoire naturelle de Lyon (MHNL), au Muséum d'histoire naturelle de La Rochelle (MHNLR), au Musée océanographique de Monaco (MOM), au Musée zoologique de Strasbourg (MZS) et à l'Université Claude Bernard, Lyon I (UCBL). GICIM fut créée en 1982.
Toutes ces informations sont reprises dans différents réseaux de bases de données internationaux auxquels collabore l'équipe, notamment FISHBASE, FISHNET, ENHSIN et dans le GBIF.