Par un décret du 3 octobre 2001, paru au Journal officiel du 7 octobre 2001, le Muséum national d'Histoire naturelle est doté de nouveaux statuts abrogeant ceux du 4 février 1985.
Le nouveau décret rappelle que le Muséum national d'Histoire naturelle est un grand établissement à caractère scientifique, culturel et professionnel, placé sous la tutelle conjointe des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'environnement et de la recherche.
Il confirme ses missions dans le domaine des sciences naturelles et humaines : le Muséum a pour mission la recherche fondamentale et appliquée, la conservation et l'enrichissement des collections issues du patrimoine naturel et culturel, l'enseignement, l'expertise, la valorisation, la diffusion des connaissances et l'action éducative et culturelle à l'intention de tous les publics.
Ce statut modifie le schéma d'organisation de l'établissement. Le Muséum est administré par un conseil d'administration présidé par le président du Muséum et assisté d'un conseil scientifique. Il est dirigé par un directeur général. Il est composé de départements et services communs.
Le président, dont le titre et la fonction n'existaient pas précédemment, est choisi pour sa compétence scientifique. Il anime et coordonne la réflexion conduisant à la définition de la politique générale de l'établissement et de ses relations avec les organismes nationaux et internationaux. Il fixe l'ordre du jour du conseil d'administration, en prépare les délibérations et s'assure de la mise en oeuvre de celles-ci.
Le conseil d'administration voit sa composition modifiée par une ouverture à des personnalités extérieures au Muséum et notamment une présence significative des représentants des tutelles de l'Etablissement. Composé de 23 membres, outre le président du Muséum, il comprend 5 représentants de l'état, 6 personnalités extérieures au Muséum, 1 représentant de la ville de Paris et 10 membres élus parmi les personnels du Muséum.
Le conseil scientifique, par sa composition, prolonge cette ouverture du Muséum à l'extérieur avec la nomination de 12 personnalités compétentes dans les domaines d'activité du Muséum mais extérieures au Muséum et 12 membres élus au sein de l'établissement.
Le directeur général du Muséum, qui assure la direction de l'établissement , est assisté d'un secrétaire général, d'un directeur des bibliothèques et de la documentation et d'un directeur des collections.
La composition de ces structures ne permet pas le cumul des fonctions. Le président ne peut appartenir au conseil scientifique et ne peut exercer de direction au sein de l'établissement. Le directeur ne peut appartenir à aucun des conseils, pas plus qu'il ne peut exercer de direction au sein du Muséum. Par ailleurs, les fonctions de membre du conseil scientifique sont incompatibles avec celles du conseil d'administration et avec l'exercice de fonctions de direction au sein de l'Institution.
Enfin, les 26 laboratoires du Muséum, héritiers des anciennes " chaires " du Muséum, disparaissent pour faire place à un petit nombre de départements qui regroupent des unités de recherche ou de service et le cas échéant des collections, pour mettre en oeuvre des activités scientifiques communes relevant des missions du Muséum. Il en va de même pour les activités destinées au public.
Nouveau pour un établissement à caractère scientifique, culturel et professionnel, le contrôle financier est assuré par un contrôleur financier désigné par et placé sous l'autorité du ministre chargé du budget.
Dans les 4 mois à venir les instances de l'établissement devraient être mises en place, et dans les 6 mois après la première réunion du conseil d'administration, le règlement intérieur devra être adopté et la liste des départements et services communs devra être fixée.
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