Littéralement, la biodiversité est la diversité biologique, autrement dit, la variété des organismes vivants. Elle est classiquement envisagée selon trois niveaux :
Plus couramment, on simplifie la définition de biodiversité en utilisant seulement la diversité taxonomique (correspondant au niveau spécifique cité plus haut). C’est notamment le cas pour le comptage de la biodiversité au cours du temps*. Ce type de comptage de la biodiversité est parfois effectué à d’autres niveaux de la classification traditionnelle que celui de l’espèce (genres, familles…). p>
*En fait, il s’agit d’un grand raccourci… raccourci pris notamment pour tout ce qui concerne le comptage de la biodiversité au cours du temps. La biodiversité dans le temps étant notre propos central, nous n’aborderons désormais la biodiversité que sous cet aspect (biodiversité = diversité en espèces, en genres, en familles…) simplifié et moins complet par rapport à l’usage qu’en ont les biologistes (ceux-ci ont accès à beaucoup plus d’informations que ceux travaillant sur la biodiversité fossile). p>
Concrètement, comment aborde-t-on le sujet ? Plus d’espèces différentes coexistent dans un milieu donné, plus la biodiversité y est élevée. On distingue ainsi des milieux riches et des milieux pauvres.
(a)
(b)
(c)
Figure 1 : Schéma explicitant les différences entre diversité biologique (spécifique) et biomasse. Les carrés sont les individus, les couleurs représentent les espèces auxquelles ces individus appartiennent.
La figure 1 présente la composition en nombres d’individus et d’espèces de trois portions d’écosystèmes différents :
Les différentes espèces ne sont pas toutes également abondantes au sein d’un même écosystème : ainsi, dans l’écosystème (a), l’espèce représentée par la couleur verte est beaucoup plus abondante que l’espèce notée par la couleur grise. De plus, l’abondance relative de ces espèces varie d’un écosystème à l’autre : l’espèce illustrée en bleu est environ trois fois plus abondante dans l’écosystème (b) que dans le (a). p>
Les observations ci-dessus sont issues d’une lecture brute de modèles simplifiés. Comment ces derniers illustrent-ils les concepts de biomasse et de biodiversité ?
Littéralement, la biomasse correspond à la masse ou quantité de matière vivante dans un milieu donné. Dans la figure 1, par commodité de représentation, supposons que tous les individus, toutes espèces confondues, ont à peu près le même poids. Alors, l’écosystème (c) qui a un nombre d’individus plus important que l’écosystème (b) présente une biomasse plus importante, alors qu'il a une diversité en espèces identique.
La biomasse est presque toujours exprimée en kilogrammes ou bien en tonnes, autrement dit en masse de matière vivante. Dans la réalité, elle dépend autant (voire moins) du gabarit des organismes que de leur nombre (ainsi la masse de tous les éléphants de la planète est largement inférieure à la masse de toutes les fourmis).
Elle exprime la variété des êtres vivants. Sur la figure 1, est représenté la biodiversité spécifique, soit le nombre d’espèces différentes présentes dans un écosystème. L’écosystème (a) présente une biodiversité plus grande que l’écosystème (b) pour un même nombre d’individus (ici assimilé à une même biomasse).
L’exemple illustré met en évidence le fait que biomasse et biodiversité ne sont pas deux notions véritablement tributaires l’une de l’autre, puisqu’on peut avoir un écosystème (c) ayant une biomasse plus importante mais une biodiversité inférieure à un autre écosystème (a).
La notion de biodiversité est intimement liée à celle d’écologie. La figure 2 illustre schématiquement la biodiversité d’un écosystème terrestre de type lisière de forêt tempérée océanique (présente en France). Un écosystème de type marin peut donner lieu à des rapports différents entre les diverses catégories écologiques présentées.
Pour avoir une vision exacte d’un écosystème, il eût fallu présenter des centaines voire des milliers d’espèces, selon d’exactes proportions. Nous avons choisi un seul exemple simplifié sur lequel sont présentées différentes espèces en fonction de leur rôle écologique selon trois grands types (Heinrich, D. & Manfred, H. (1993) :
La figure 2 permet d’illustrer plusieurs points :
Il existe de nombreux autres types d’écosystèmes et de nombreux autres types d’organismes, notamment en milieu aquatique qui représente près des trois quarts (71%) de la surface terrestre.

Figure 2:Schéma illustrant partiellement la biodiversité théorique à l’échelle d’un écosystème continental et 3 grands types de rôles écologiques.
Pour aller plus loin : l'estimation de la biodiversité actuelle.La notion de temps est intimement liée à celle de biodiversité. La biodiversité actuelle n’est qu’un instantané, elle ne représente ni un aboutissement, ni un état stable. Elle est comparable à une image tirée d’un film dont le tournage se poursuit. Ainsi la biodiversité observée de nos jours n’est que le résultat temporaire d’un processus toujours en action. Cette variation se poursuit depuis l’apparition de la vie, conjointement à l’évolution biologique et aux changements de cadre physique et chimique. Dès lors, nous ne pouvons regarder la biodiversité actuelle sans avoir auparavant cherché à appréhender la biodiversité passée.
L’étude des fluctuations de la biodiversité durant l’histoire de la vie sur Terre est accessible par les fossiles. Elle permet de caractériser de nombreuses variations temporelles, dans le détail de sa composition ou dans sa richesse globale.
On a pu ainsi observer qu’à certaines périodes (époques), la biodiversité subissait une diminution drastique sur un court laps de temps (à l’échelle géologique). On a ainsi créé le terme de crise biologique. La définition d’une crise est simple mais son occurrence dans le passé est difficile à mettre en évidence. En effet, beaucoup de biais sur le comptage de la biodiversité existent et doivent être pris en compte avant de statuer. Malheureusement, ce n’est pas toujours le cas, et il est possible de se tromper lourdement.
Lire la suite : Les biais du dénombrement de la biodiversité fossile.