Une partie des recherches de l'Unité porte à la fois sur l'enrichissement de ses collections (participation aux missions nationales et internationales) et sur leur valorisation: descriptions de nouveaux taxons, analyses phylogénétiques, analyse des variants phénotypiques, biogéographie et paléographie, modélisation des échelles spatio-temporelles de la diversité. L’unitéa mis en place une cellule d’expertise (responsable : P. Noël) pour le développement de son activité d’expertise institutionnelle pour certains ministères, et particulièrement pour le MEDD. Elle participe à des actions d’inventaire de la biodiversité.
En outre, de nombreux travaux de recherche fondamentaux de l’unité débouchent directement sur un soutien aux politiques de conservation en milieu aquatique, par exemple :
 expertise de l’état physiologique de populations sauvages, en fonction de la qualité des eaux |
| conservation, protection et gestion des populations sauvages |
| conservation, restauration et gestion intégrée des fleuves et des zones côtières |
| utilisation des faunes comme bio-indicateurs |
| impact de l’anthropisation |
| indicateurs synthétiques de fonctionnement des écosystèmes |
