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RECHERCHE Axes généraux Mon axe principal de recherche est de rendre compte de la diversité du vivant par sa structure et son histoire. Je suis donc systématicien et conçois la classification du vivant à partir de la phylogénie. Sous l’impulsion de Roland Billard et André Adoutte, dès 1989 j’ai commencé à construire ce qui deviendra à partir de fin 1993 avec Simon Tillier, Annie Tillier et Eric Pasquet le service de systématique moléculaire du MNHN, que j’ai animé dix années durant. Recruté comme assistant en 1988 dans un laboratoire d’Ichtyologie, j’ai travaillé en parallèle sur les téléostéens (les « poissons » modernes) et me suis même concentré sur la phylogénie de l’un des groupes de prédilection de membres de mon laboratoire d’alors, les notothénioïdes (téléostéens antarctiques). Les données que j’acquiers sont majoritairement des données moléculaires ; mais les données de séquences ne m’intéressent vraiment que comme témoins de l’apparentement des espèces. Le reste de mon activité de recherche est tourné, pour une part minoritaire, vers la collecte des organismes sur le terrain (trois missions effectuées en Antarctique) et, pour une part majoritaire, vers des questions méthodologiques et épistémologiques de la systématique. Des méthodes Mes méthodes sont celles de la phylogénie : méthodes standard de phylogénie moléculaire et phylogénie fondée sur des caractères anatomiques. Les questions de méthodes suivent deux axes. Le premier consiste à explorer comment construire des arbres phylogénétiques sans se tromper. En d’autres termes, qu’est-ce qui constitue une inférence phylogénétique fiable ? Presque tous mes articles de phylogénie traitent de cette question, d’une manière ou d’une autre, en plus de leurs conclusions zoologiques et/ou classificatoires. Avec Pierre Deleporte nous avons organisé en octobre 2004 le colloque du vingtième anniversaire de la société Française de Systématique autour du thème « philosophie de la systématique ». Avec Chomin Cunchillos nous avons bénéficié d’un mécénat de Saint Gobain pour développer un programme d’épistémologie de la Biologie au sein duquel deux livres sont en cours d’élaboration. Je suis membre du comité scientifique de la revue d’épistémologie Matière première. Le second axe vise à exporter l’analyse historique des structures du vivant vers d’autres disciplines. Par exemple, les linguistes utilisent depuis quelques années les concepts et les outils de la systématique pour inférer l’histoire des langues à partir de leur structure. De même, avec Chomin Cunchillos, j’ai exporté ces méthodes vers la biochimie lorsqu’il s’est agit d’analyser la structure du métabolisme cellulaire en termes d’histoire évolutive ; ou encore avec Erick Denamur adapté ces méthodes à des organismes produisant de nombreux transferts horizontaux, comme par exemple la phylogénie au sein de l’espèce bactérienne Eschericha coli. Des organismes Sur un terrain plus zoologique, mes chantiers sont au nombre de deux : les téléostéens acanthomorphes (17 000 espèces, « poissons » modernes à nageoires épineuses) et les notothénioïdes (122 espèces inféodées à l’océan austral, et qui appartiennent aux acanthomorphes).
Concernant les notothénioïdes, notre équipe est reconnue internationalement sur la phylogénie du groupe, sur laquelle nous avons régulièrement publié depuis dix ans et encadré quatre DEA/M2 (Wei-Jen Chen (1997), Nicolas Derome (1999), Sophie Sanchez (2003), Mohamed Berkani (2008)). J’ai été invité par nos collègues américains à participer à la campagne internationale d’hiver « ICEFISH 2004 » deux mois durant à bord du Nathaniel Palmer. Le travail continue puisque je suis porteur d’un projet de recherche et d’exploration de la biodiversité antarctique proposé en 2007 à l’Agence Nationale pour la Recherche et qui sera financé, au sein duquel des questions phylogénétiques sur les poissons antarctiques seront traitées.
Des perspectives Mes perspectives scientifiques concernent le redéploiement de l’interaction anatomie comparée – phylogénie moléculaire au service de cet immense chantier phylogénétique qu’est la phylogénie des acanthomorphes. Le stage post-doctoral de Francesco Santini, sous ma direction, et financé sur bourse européenne Marie Curie, s’est attaché à aborder la phylogénie des acanthomorphes par l’anatomie comparée. J’ai organisé en 2003 un workshop de dissection comparée de téléostéens de deux semaines au MNHN avec les meilleurs anatomistes des poissons (Dave Johnson, Ralf Britz). Nous développons actuellement dans mon équipe, à partir de la thèse d’Agnès Dettaï (2000-2004) un type nouveau de bases de données d’homologies primaires dont le schéma conceptuel a été publié dans Systematic Biology. Mais bien au-delà des seuls téléostéens, il faut que l’anatomie comparée renaisse dans l’établissement où elle a vu le jour et qui est le seul à pouvoir la maintenir. L’avenir des musées d’histoire naturelle ne saurait résider dans la seule possession de moyens de séquençage et d’analyse phylogénétique de séquences, mais dans la pleine interaction scientifique de ceux-ci avec les collections. Cette politique peut se déployer au travers de la contribution de la France aux actions internationales concertées de taxonomie moléculaire de type « code-barre », ou bien d’une anatomie comparée à visée phylogénétique en lien avec les phylogénies moléculaires. Dans les deux cas ces projets ambitieux s’accompagnent de moyens en termes de bases de données. Une fois la puissance de séquençage d’ADN acquise via un partenariat que je pilote pour mon département et mon UMR avec le Genoscope d’Evry, une fois la puissance de calcul acquise à l’échelle de l’établissement par l’achat d’un cluster que j’ai pu faire via un mécénat Saint-Gobain, il est temps de relancer la pratique et l’enseignement de l’anatomie comparée à visée phylogénétique. Distribution des thèmes de recherches par publications I. Méthodologie et exportation de l’analyse phylogénétique : 50% Ia.Problèmes
méthodologiques posés par la non congruence des phylogénies (2, 3, 6,
28, 30, 46, 50, 58, 78, 84) II. Phylogénie des téléostéens : 50% IIa. Phylogénie
des Acanthomorpha (les acanthomorphes représentent 60% des téléostéens,
33% des vertébrés) (52, 54, 59, 75, 77)
Dernière actualisation : jullet 2010 Réalisation du site : Labsynth.com |
